鉬酸銨主要用于冶煉鉬鐵和制取三氧化鉬、金屬鉬粉作為鎢鉬合金、鉬絲的原料;其次是用于作化工的催化劑;少量用作農用鉬肥;極少量用于醫藥方面,為多種酶的組成部分。

　　鉬酸銨還可以通過將三氧化鉬溶解在氨中進行制備。

　　如果鉬酸銨用于制備鉬磷酸鹽中。(NH4)2MoO4 被用作分析試劑，對磷酸鹽、硅酸鹽、砷酸鹽和鉛的水溶液進行定量分析。飽和濃度的(NH4)2MoO4 被用于低溫陰性染色，以及用作生物電鏡的陰性染色劑，還用于研究無細胞表達膜蛋白的結晶。

　　在操作使用鉬酸銨時還要注意安全操作，一旦吸入、攝入或經皮膚吸收后，對身體有害，對眼睛、皮膚、粘膜和上呼吸道有刺激作用。一旦出現此現象，要用清水沖洗或是就醫。